直腸息肉病因複雜，其發病可能與以下因素有關:
1、基因遺傳
家族性腺瘤性息肉病是常染色體的顯形遺傳，患者有家族性發病史。中醫認爲遺傳因素是胎傳因素之一，遺傳因素與先天性有關。遺傳因素從兩個方面影響疾病的發生。一是由遺傳因素而影響體質類型，不同體質類型在後天對外邪的易感性和耐受性不同，因此疾病的發生情況也有差異。二是在人類遺傳過程中，父母發生的疾病也相應地遺傳給子女。
2、感染
部分息肉可由細菌，寄生蟲等感染直腸黏膜，由腸道炎性病變增生而致息肉，如腸結核，腸血吸蟲病，潰瘍性結腸炎等。
3、組織結構異常
如幼年性息肉，即屬錯構瘤性息肉。
