首先，果汁中基本不含水果中的纖維素。纖維素是膳食纖維最重要的成分之一，對維持腸道功能、促進腸蠕動、防治便祕、降低膽固醇和抗癌均有一定作用。
其次，在壓榨和搗碎過程中，水果中某些易氧化的維生素(如維生素C)已經部分地被破壞。故其營養價值有不同程度地降低。
第三，在果汁生產過程中，一些添加物(如甜味劑、防腐劑、凝固劑等)必然影響到果汁的營養質量。
因此，建議儘量選擇新鮮水果。當然，如果與碳酸飲料(可樂、雪碧之類)相比，果汁的營養價值還是很高的，要是非喝飲料不可，在營養方面果汁飲料還是較好的選擇。另外，在吃不到水果的時候(例如旅行途中)，喝果汁也是值得推薦的。
