胰腺囊腫進行治療，一定要根據具體的病情來看。低危性的胰腺囊腫，沒有症狀的可以選擇定期觀察。假性囊腫可以讓它自行吸收。對於比較大的囊腫，先天性的胰腺囊腫等等，要進行外科手術或微創手術治療。
胰腺囊腫的治療，一般需根據病理性質、生長部位、腫瘤大小等，來制定合適的治療方案，如對低危險性胰腺囊腫，沒有長在關鍵部位，體積較小，且沒有導致相關臨牀症狀者，選擇隨訪觀察，定期複查即可；如出現囊腫增大，懷疑其性狀發生改變時，應及時干預。對於診斷明確或高度懷疑具有較高惡變潛能的病變，多主張手術治療。
胰腺囊腫還要注意分辨。急性胰腺炎容易導致假性囊腫，由於它沒有真正的囊腫壁，可以通過藥物治療，增強機體的抵抗力後，可能會自我吸收治癒，一般並不需要治療。一般治療是針對大於六個釐米的囊腫，或者囊腫經過三個月沒有吸收變小的，可以將囊腫與周圍的胃腸道進行引流。
對胰腺的先天性的真性囊腫，這種囊腫是不會自我治癒的，可以通過手術方法切除。而且有些囊腫還會出現變化，甚至還會出現惡變的可能，因此應該及早手術切除。滯留性囊腫多是良性的病變，平時要注意定期檢查。如果囊腫有增大趨勢的時候，就需要手術治療。隨着內窺鏡的發展，可以通過內窺鏡超聲檢查進行微創治療。
