慢性腹瀉的常見併發症爲營養不良和維生素缺乏症，與長期性大便次數增多和營養流失有關。同時會導致抵抗力下降，而出現真菌性腸炎一類繼發性感染疾病。部分患者可能會併發中毒性肝炎，還可有電解質紊亂及腸出血的可能性，嚴重時會導致腎衰竭。
慢性腹瀉是病程相對較爲漫長的一種疾病。幾乎所有患者在發病之後都會持續性出現拉肚子症狀，即便是及時用藥治療，也不能在較短時間內徹底性治癒。而有些患者卻不以爲然，可能會不着急接受治療，這樣就容易引起併發症。那麼，慢性腹瀉會導致哪些併發症呢？
1、營養不良
慢性腹瀉在長時間得不到緩解的情況下，很容易引起營養不良。由於大便次數明顯增多，水分及各種營養物質丟失量比較大，久而久之就會出現身體消瘦和疲乏無力等全身性不良反應。而此時就算是改善飲食結構，增加營養補充，也很容易出現營養不良類病症。
2、維生素缺乏症
慢性腹瀉可導致腸胃蠕動速度加快，會促使維生素流失，進而可造成惡性循環，出現維生素缺乏症。其中在臨牀方面比較常見的有維生素A缺乏和維生素D缺乏，嚴重時可因此產生乾眼症及手足抽搐症。
3、繼發性感染
對於患有慢性腹瀉的人羣來說，很容易發生繼發性感染。由於腹瀉發生期間可導致全身抵抗力大大下降，特別是遷延性腹瀉，極有可能引起真菌感染，可出現鵝口瘡或真菌性腸炎一類炎症疾病。另外，也有患上上呼吸道感染、泌尿道感染以及口角炎的可能性，有時也會誘發難以治癒的敗血症。
4、中毒性肝炎
中毒性肝炎屬於慢性腹瀉常見併發症。尤其是重型腹瀉發作期間可導致黃疸，出現皮膚及眼睛鞏膜黃染現象，且可伴隨有肝臟區域疼痛不適感。
5、其它併發症
慢性腹瀉可導致電解質紊亂，出現低鉀症或低鈉症。若處理方法不當可發生腸出血或腸套疊等大腸疾病，偶爾也會發生腸穿孔。而在情況極爲嚴重時，還會有出現急性腎功能衰竭和心力衰竭的可能性。
