起病多數緩慢、病程呈慢性隱匿過程，有活動期和緩解期相交替的趨勢。少數爲急性起病，可表現爲急腹症、腸穿孔、腸梗阻等。
一、腹痛 是最常見的症狀，多位於右下腹或臍周，一般爲中等度疼痛，呈痙攣性，餐後加重，禁食、休息、局部熱敷可減輕。如炎症波及腹膜或急性腸穿孔時可出現全腹劇痛，呈急性腹膜炎表現。
二、腹瀉 糞便呈糊狀，一般每日3－4次，常無膿血及粘液，病變位於結腸遠端常有粘液血便。
三、腹塊 由於腸壁或腸繫膜增厚、腸粘連、腸繫膜淋巴結腫大，內瘻或局部膿腫形成，故常可於右下腹捫及包塊，比較固定，邊緣不很清楚，有壓痛。
四、瘻管形成 爲本病的特徵性體徵。
五、肛門直腸周圍病變。
六、全身表現 約三分之一的病人有間歇性低熱或中等度發熱，偶有高熱。嚴重者可有貧血、消瘦、低蛋白血癥及水電解質紊亂。
七、腸外表現 部分病人有鵝口瘡性口炎、結節性紅斑、杵狀指、皮膚潰瘍、關節炎和肝腫大等。
