對吞嚥困難的患者，特別是40歲以上者，除非已證實爲良性病變，否則應多次檢查和定期複查，以免漏診及誤診，主要檢查方法有：
1.食管黏膜脫落細胞檢查 用雙腔塑料管線套網氣囊細胞採集器吞入食管內，通過病變處後充氣膨脹氣囊，再緩緩拉出氣囊。取套網擦取物塗片做細胞學檢查，陽性率可達90%以上，常能發現一些早期病例。爲食管癌大規模普查的重要方法。
2.食管X線檢查 食管吞鋇X線造影是診斷食管癌最主要的方法之一。早期的X線徵象有：①黏膜皺褶增粗、紆曲或虛線狀中斷或食管邊緣發毛；②小充盈缺損，或較扁平或如息肉狀】③ 小潰瘍龕影；④侷限性管壁發僵或有鋇劑滯留。中晚期食管X線鋇劑檢查可顯示鋇劑在癌腫點停滯，病變段鋇流細窄；食管壁僵硬，蠕動減弱，黏膜紋變粗而紊亂，邊緣毛糙；食管腔狹窄而不規則，梗阻上段輕度擴張，並可有潰瘍壁龕及充盈缺損等改變。
3.食管CT檢查 CT檢查可清晰地顯示食管與鄰近器官的關係。正常食管與鄰近器官分界清楚，食管厚度不超過5mm，如食管壁厚度增加，與周圍器官分界模糊，則表示食管病變存在。CT檢查還可充分顯示食管癌病竈大小、腫瘤外侵範圍及程度，同時，CT檢查結果還有助於確定手術方式、制定放療計劃等。
4.內鏡檢查 可直接觀察病竈的形態，並可在直視下做活組織病理學檢查，以確定診斷。還可合用活體染色法，提高檢出率。用甲苯胺藍染色，食管黏膜不着色，但癌組織可染成藍色。用Lugol碘液，正常鱗狀細胞因含糖原而着棕褐色，病變黏膜則不着色。
