咽峽炎用藥需結合症狀分析，常見用藥包括抗病毒藥、抗生素類藥物、解熱鎮痛藥和鎮靜類藥物。咽峽指口腔內咽部垂直面環形結構，咽峽炎爲該結構發生急性感染性疾病。會導致咽痛、發熱等症狀，及時用藥治療，可緩解病情，預防高熱驚厥、扁桃體潰瘍等併發症。
咽峽炎可由病毒感染所致，如皰疹性咽峽炎，由腸道病毒感染引發，可應用利巴韋林、阿昔洛韋等抗病毒藥物，具有抗病毒和免疫調節作用。
咽峽炎可由疾病感染所致，部分病毒性咽峽炎合併細菌感染，需儘早應用抗生素類藥物，如青黴素類抗生素、甲硝唑類藥物等，可控制梭形桿菌和樊尚螺旋體感染，以緩解症狀。
咽峽炎發病後，多數患者咽喉部位有嚴重疼痛、身體高熱等表現，如影響正常進食和生活，可應用熱鎮痛藥進行治療，如布洛芬或對乙酰氨基酚。這類藥物副作用較大，易引起胃腸道反應，因此應嚴格遵醫囑用藥。
高熱患者可出現驚厥現象，需應用鎮靜類藥物治療，如地西泮、苯巴比妥等，控制驚厥，終止抽搐。
