中醫在治療小兒腹瀉方面有療效好、副作用好的優點，相比西醫更值得提倡應用。本腹瀉的致病原因不外三方面：體質、感染及消化功能紊亂。腹瀉主要表現爲大便次數增多、便質變稀甚至水樣便，水電解質紊亂。腹瀉治療得當，效果良好，但不及時治療以至發生嚴重的水電解質紊亂時可造成嚴重後果。中醫治療腹瀉的手段主要包括中藥、鍼灸、推拿按摩三個方面。
中醫認爲，小兒腹瀉可以有風寒、溼熱、脾虛、傷食四個方面引起，治療也要從這四個方面辨證論治。風寒泄瀉主要由於外感風寒或過食生冷食物，致使寒邪留滯於腸胃引起。可見大便清稀如水，腸鳴腹痛，脘悶食少，或兼有惡寒發熱、鼻塞身痛，舌質淡苔白，脈沉細。治療應疏風散寒、化溼止瀉，可以藿香正氣加減治療。溼熱瀉常見於夏秋季節，多因腸胃積熱、外受暑溼而致，可見泄瀉腹痛，肛門灼熱，瀉下不爽，糞色黃褐而惡臭，甚至帶黏液、膿血，煩熱口渴，小便短赤，舌紅苔黃膩，脈濡數或滑數。治療應該清熱利溼、安腸止瀉，可用葛根芩連湯加減治療。
脾虛瀉：小兒胃腸發育還不健全，脾氣虛弱，運化無力，可導致泄瀉;還會因久病而致泄瀉。表現大便時溏時瀉，遷延反覆，完谷不化，飲食減少，食後脘悶不舒，稍進油膩食物便次明顯增多，面色萎黃，神疲倦怠，舌淡紅，脈細弱。治療應該健脾益氣、助運止瀉，可用補中益氣湯或參苓白朮散加減治療。傷食泄瀉多見於嬰兒，一年四季均可發生，可由於過食或輔食增添不當引起，證見瀉下糞便臭如敗卵，伴有不消化食物，腹痛，瀉後痛減，脘腹痞滿，噯腐酸臭，不思飲食，舌苔厚膩，脈滑。治療應該消食化滯、運脾止瀉，可用保和丸加減治療。
鍼灸治療腹瀉以腹部穴位配合四肢的穴位爲主，還可進行耳穴貼豆，每日自行按壓、刺激穴位，能夠有效緩解腹瀉引發的各種症狀。選用足三裏、天樞、中脘、上巨虛、內庭、豐隆等。還可以選用上述穴位，每日按摩治療。
小兒腹瀉治療期間飲食以清淡、細軟和易消化食物爲宜，如米粥、米湯、麪條等，且要少食多餐。煮粥時可加薏米、山藥，以健脾護胃，利水止瀉。不要吃黏膩、煎炸、辛辣、刺激、甜性、寒涼的食物。同時要注意腹部保溫，好要及時用溫開水清洗肛門。
