因爲胃腸功能障礙不是實質性器官疾病，所以引起的症狀也會嚴重影響生活質量。胃腸功能障礙的治療通常是治療症狀，可以藥物治療，即使用藥物治療胃腸功能，還有就是自我調節，避免精神壓力，飲食也應以溫和食物爲基礎。
胃腸道神經官能症主要表現爲胃腸道功能障礙，如腹瀉型、腹脹型或混合型,患者的主要症狀是腹瀉、腹脹等腸道症狀，而腸道症狀通常與飲食密不可分，所以出現腸道疾病時飲食非常重要，那麼怎麼治胃腸神經官能症？
胃腸道神經症是一種焦慮狀態，主要由胃腸功能障礙引起，因此，胃腸道是情緒的表達器官，通過緩解情緒來可以有效緩解神胃腸神經官能症，和自主神經功能的紊亂，對於這種情況，首先在治療過程中考慮心理因素，心理療法對超過三分之二的胃腸道神經症患者有效，包括緩解心理壓力。
還可以用藥物治療，胃腸道神經症可以選擇使用抗焦慮藥物，例如5-羥色胺再攝取抑制劑，帕羅西汀等。也可以使用抗焦慮的苯二氮卓類藥物。對於腹脹或腹瀉型，也可採用一些對症治療。在臨牀實踐中，應根據具體情況進行治療，主要是心理治療和抗焦慮藥物的選擇。
除非情況較差，要臥牀休息，大多數症狀不嚴重的人，可以參加適當的勞動和工作。擁有規律的生活，經常參加適當的娛樂活動，平日運動量少的患者應進行體育鍛煉，以增強體質並加速神經功能的恢復。飲食主要基於易於消化的食物，避免刺激飲食。
神經性厭食症患者需要住院，並逐漸養成正常的飲食習慣，營養不良，消化吸收不良的腹瀉的患者需要靜脈輸液，爲了治療便祕引起的腸易激綜合症，富含纖維的蔬菜通常具有治療作用。
調節神經功能，改善睡眠。根據情況，可以使用以下藥物和方法。鎮靜劑可與雷米寧、氯丙嗪、苯巴比妥、美拉通或谷維素合用。精神抑鬱症患者可以選擇抗抑鬱藥，例如阿米替林。解痙鎮痛藥抗膽鹼能藥能使平滑肌鬆弛，具有解痙鎮痛作用。例如顛茄製劑，阿托品和丙磺酰胺。可以使用維生素B，那些病情較嚴重的人可以進行鼻飼，即將鼻飼管放入十二指腸，並滴入高營養液。
