膽囊癌的鑑別診斷根據腫瘤的病程而提出不同的要求：
早期的膽囊癌主要與膽囊息肉樣病變相鑑別，膽囊癌的直徑大多大於1.2cm，蒂寬，膽囊壁增厚。至於膽囊的腺瘤性息肉惡變與良性腺瘤的鑑別則很困難，因考慮膽囊腺瘤是癌前病變，一旦確診，均應手術切除，故不影響外科治療決策。國內的膽囊癌患者，約有57％合併膽囊結石，患者常有較長時間的膽道疾病症狀，此類患者最容易被忽略，或將膽囊癌所引起的症狀用膽囊結石來解釋。在鑑別診斷上主要是對老年、女性患者長期患有膽囊結石、膽囊萎縮或充滿型結石、腹痛症狀加重和變得持續時，均應考慮有膽囊癌的可能，應做深入檢查。
晚期膽囊癌需要鑑別的尚有原發性肝癌侵犯至膽囊，在膽囊部位形成一腫塊和膽囊出口的阻塞，侵犯膽囊的肝細胞癌可在肝門部和肝十二指腸韌帶上發生大塊的淋巴結轉移，類似晚期膽囊癌時的淋巴結轉移。膽囊頸部癌可直接侵犯或通過淋巴轉移發生高位膽道梗阻，臨牀表現類似肝門部膽管癌。有時原有患癌的膽囊已行手術切除，但因各種原因未能取得病理診斷，術後由於腫瘤局部復發和引起肝門部膽管梗阻，會使鑑別診斷髮生困難。
