懷孕初期自然流產可能會出現疼痛，但是建議女性在懷孕初期出現任何不適狀況時應及時就醫，並在醫生的建議下進行治療，同時應做好自身清潔。
首先自然流產可能會使女性陰道處出現流血的現象，繼而不斷出現子宮收縮而引起腹部出現疼痛，自然流產會比人工流產所產生的疼痛要輕一些。而且自然流產大多發生於女性早孕初期，會出現不明原因出血並伴有腹痛，且出血量大於月經量，陰道排出物中還會有妊娠囊及妊娠組織，同時並伴有宮口全開的情況，整個過程類似於女性足月分娩，故女性在懷孕初期自然流產會產生疼痛感。
通常是宮腔內胚胎出現異常，從子宮內膜中剝落，隨剝落面積增大，流血量逐漸增大，並出現宮縮現象，這就出現了懷孕初期自然流產的現象。此時建議女性在出現流產跡象時，應及時在家屬的陪同下就醫，由醫生診斷，並通過B超結果來查看，瞭解是否已經完全流產。
如果已經完全流產，建議女性注意保持自身潔淨，同時遵醫囑通過使用益母草顆粒、新生化顆粒、益宮顆粒等藥物進行緩解。如果沒有完全流產，還需進行人工流產手術，將宮腔內殘留物進行刮宮處理，同時配合醫生服用藥物進行緩解。
