清潔奶瓶之後，一定要持續進行消毒，才能徹底消滅細菌、病毒。無論媽媽使用傳統水煮消毒，或蒸氣式消毒鍋、紫外線消毒鍋，消毒前一定要先將奶瓶拆開、徹底清潔，並且避免因使用方式不當、機器耗損等因素，形式消毒上的漏洞。每日消毒的次數則依奶瓶準備數量、寶寶使用數量而決定，一般約爲1～2次。清潔完奶瓶之後，就要進行消毒了，一般嬰兒奶瓶的消毒方式，可以分爲煮沸法及蒸汽鍋消毒法，其消毒方式及步驟如下：
A.煮沸消毒法
1、準備一個不鏽鋼的煮鍋，裏面裝滿了冷水，水的深度，要能完全覆蓋所有已經清洗過的餵奶用具。玻璃奶瓶可與冷水一起放入鍋中，等水燒開後5～10分鐘再放入奶嘴、瓶蓋等塑膠製品，蓋上鍋蓋再煮3～5分鐘後關火，等到水稍涼後，再用消毒過的奶瓶夾取出奶嘴、瓶蓋，待幹了之後再套回奶瓶上備用。若是塑膠的奶瓶，則要等水燒開之後，再將奶瓶、奶嘴、奶瓶蓋一起放入鍋中消毒，約再煮3～5分鐘即可。
B.蒸氣鍋消毒法
目前市面上有多種功能、品牌的電動蒸汽鍋，家長可以依照自己的需要來選擇，消毒的方式只靄要遵照說明書操作，就可以達到消毒餵奶用具的目的。但需注意的是，使用蒸汽鍋消毒前，仍先將所有的奶瓶、奶嘴、奶瓶蓋等物品徹底清洗乾淨，然後再一起放入，按上開關，待其消毒完畢，會自動切斷電源。
將清洗後的奶瓶盛上清水放入微波爐，打開高火10分鐘即可。切不可將奶頭及連接蓋放入微波爐，以免變形、損壞。
