正所謂“是藥三分毒”，化學類藥物一般有見效快的優點，同時也可能會帶有不同的副作用。
常見兒童退燒藥的副作用普遍是對胃腸道有刺激作用，從以上對6種兒童退燒藥的分析可以瞭解到，不同退燒藥成分對應產生的副作用情況。相較而言，對乙酰氨基酚和布洛芬的副作用是最小的。但像安乃近、氨基比林的副作用就更爲明顯，可能會引起虛脫，甚至發生休克，有過敏體質的孩子會產生藥疹、蕁麻疹，危及患兒生命。這些類別的藥物也正逐漸被淘汰掉。
有些退燒藥存在一定的肝腎毒性和神經毒性，使用時一定要注意用量
由於退熱針劑副作用較多，因此嬰幼兒應首選口服退熱藥物，常用的有對乙酰氨基酚（如泰諾）和布洛芬（如美林）。由於這些藥物都配製爲水果口味，易於爲嬰幼兒接受。而退熱藥物的服用也有講究，以前多爲體溫超過38.5℃時服用，而現在的觀點認爲：爲了發揮解熱鎮痛藥的抗炎作用，每日服用4次（即每隔4~6小時服用1次）更加合理，同時孩子的體溫也控制得更趨於平穩。
寶寶發燒其實首推物理降溫。當寶寶體溫超過38.5℃，可以給他枕冰袋、洗溫水澡、擦擦酒精，還要儘量多喝水。晚上，父母精力不夠，就要使用藥物降溫。如果孩子有高熱驚厥史，則要儘早用藥。
