純淨水和自來水也都並非對人體有利無害。自來水是水處理廠對來自河流、水庫等水系的水加工處理達到國家自來水標準的水，而純淨水是飲用水公司對自來水中一些雜質加工處理後各項指標達到國家標準相對淨的水。自來水需要煮沸後飲用，純淨水可以直接飲用。純淨水和自來水的危害主要也源於運輸處理的過程中無法完全保證水質的安全和衛生。
自來水由於輸送渠道比較多，各個環節中由於時間長、管道失修、水箱清理衛生不及時等原因容易導致水質變異，影響到水的安全性。因此，對一些管理相對較差的地方，可能會出現自來水到用戶家裏時，一些不利的指標已經超出國家的標準。所以飲用前最好是先沉澱幾個小時，再徹底煮沸後再飲用。如果運輸和灌裝的過程中沒有按標準來進行，那麼所謂的純淨水也未必是真正達標的純淨水。一些不法分子將不符合飲用標準的自來水灌入純淨水桶中當純淨水賣的行爲也曾多次被媒體報道。
另外，純淨水的主要危害則是在過濾的過程中濾掉了水中對人體的礦物質和微量元素，所以如果長期飲用會對人體健康不利。純淨水不但不能補充鈣、鋅等元素，本身體內已有的一些礦物質都會被純淨水吸收而排出體外。所以，純淨水並不適合長期作爲飲用水來飲用。
