一般認爲是由於肝臟外界環境中的各種有害因素(主要是化學致癌物)和體內某些致癌物的長期作用，使肝細胞<或膽管細胞等>發生過度增生，導致正常結構遭受破壞而形成的一種惡性腫瘤。根據國內外大量研究資料分析，認爲其發生的原因主要有以下幾種：
(1)病毒性肝炎：主要是乙型與丙型肝炎病毒感染，尤其是乙肝與乙肝病毒攜帶者。
(2)黃麴黴毒素(AFT)：黃麴黴毒素爲最重要的致癌物質，長期食用含此毒素的食物可誘發肝癌。
(3)水源污染：飲用水質的嚴重污染，是肝癌發生的重要誘因之一。
(4)化學致癌物質：能引起肝癌的化學物質以亞硝基化合物爲主，如亞硝胺和亞硝酰胺等。此外，農藥、酒精、黃樟索等亦均能誘發肝癌。
(5)其他因素：營養過剩<大量營養京)或營養缺乏(如維生素A、維生素B缺乏)、血色病、寄生蟲感染及遺傳等，也是誘發肝癌的危險因素。
(6)免疫狀態：有人認爲肝癌患者血漿中含有一種封閉因子，能抑制細胞免疫並保護肝癌細胞不受免疫細胞殺傷。現已證明，甲胎蛋白(AFP)就飽抑制淋巴細胞和巨噬細胞的吞噬作用。
(7)基因突變：近年來，還有人認爲，環境中的突變原和病毒作用激發肝細胞分裂反應途徑的活化，引起細胞的點突變和基因易位，是細胞增殖的可能因素。
此外，肝癌的發生還與非血紅蛋白的核蛋白對細胞週期的調控失常，以及細胞內外因素如激素、多肽、生長因子及多胺等有關。
因此，肝癌是在環境和遺傳多種因素的作用下，多基因的突變和異常累積而引發的，並受環境和遺傳因素雙重影響。
