小兒發燒灌腸的好處主要是易於小兒接受、避免了刺激、吸收快速、便於給藥。壞處易造成腸道受損、腹瀉、菌羣紊亂，容易繼發感染。
小兒對口服藥物反感，灌腸避免口服藥物引起的哭鬧、嘔吐等；藥物可以直接通過直腸吸收，避免了藥物對胃腸粘膜的刺激；直腸血管吸收快，能快速達到退燒的作用。同時，灌腸可以殺死腸道里的細菌病毒，促進排泄；對於有便祕的孩子有通便作用。
灌腸屬於侵入性操作，可能導致小兒腸道損傷；刺激腸蠕動引起腹瀉；藥物進入腸道深處容易產生污染；菌羣失調造成內環境改變，腸道功能會變差。同時，如果灌腸時存在大便，會影響藥物吸收，劑量不好把握。
