皮脂腺囊腫要根據感染的程度進行消炎治療，輕度感染可以外用抗生素類或祛腐生新的藥膏；如症狀較重，則需口服抗生素治療。
皮脂腺囊腫正常情況下不會有明顯的症狀表現，但如果受到細菌感染，會出現發炎現象。如果感染並不是特別嚴重，炎症較輕，可以外用藥物來消炎，通常是在患處塗抹抗生素類藥膏，並配合使用祛腐生新的藥膏，如紅黴素軟膏、金黴素軟膏、生肌散等。可以有效控制局部炎症，還能促進壞死部位脫落。
如皮脂腺囊腫感染的情況比較嚴重，外用藥物治療的效果不佳，則需在醫生指導下口服抗生素，可以選擇頭孢類、大環內酯類以及喹諾酮類抗生素，如頭孢拉定膠囊、阿奇黴素分散片、鹽酸左氧氟沙星片等。應確保足量和足療程用藥，避免服藥時間過短或者間斷服藥，否則會造成病情反覆發作。
