肺部真菌感染會復發，而復發原因多與治療不規範、理化因素刺激、抵抗力下降等因素有關。
1、治療不規範
肺部真菌感染與其他肺部疾病相似，以藥物治療爲主。用藥治療期間應遵守足量、足療程、規範、聯合用藥，病情可逐漸控制，感染性症狀逐漸消失。若治療不規範，致病菌依然存在，適宜條件下可再次發病。
2、理化因素刺激
理化因素刺激也是誘發肺部真菌感染和復發的主要原因，不可忽視。病情痊癒後，應避免理化因素刺激，降低複發率。
3、抵抗力下降
抗真菌感染治療能消除真菌感染性症狀，有利於肺部功能恢復。但是，肺部一些隱藏性真菌並未完全消除。抵抗力低下時爲消除病菌活躍性增強，誘發病情反覆發作。
