結石形成病因十分複雜，至今仍有一些問題未解決。歸納起來，與全身代謝、泌尿系局部感染內環境和飲食因素有密切關係。近些年來，有些學者將結石分爲兩大類，即代謝性結石和感染性結石。尿液含有很多種成份，大體上可分爲晶體和膠體物質，晶體物質包括草酸鈣、磷酸鈣、磷酸鎂鐵、尿酸、尿酸鹽、黃嘌吟和胱氨酸等，膠體物質主要是指粘蛋白和粘多糖類。結石形成時，一般先有一個核心，然後尿中晶體和膠體圍繞這一核心沉積增大而成。細胞碎屑、血塊、壞死組織、細菌以及體外異物均可作爲核心而形成結石。
常見病因有：
①泌尿系感染、尿路梗阻和異物等因素;
②全身因素如鈣、磷、尿酸鹽、草酸鹽的代謝異常、長期飲水不足、長期臥牀等因素;
③甲狀旁腺功能亢進;
④氣候與地理條件;
⑤飲食和營養;
(一)環境因素
自然環境的不同，如地區和氣候條件的差異，如炎熱的地區可因出汗多導致尿液濃縮，水中鈣質成分的增加也是結石形成的一個因素。
社會條件的影響，如動物蛋白攝入過高使兒童膀胱結石較多。水果、蔬菜豐富的地區草酸鹽類結石增多。另外，非洲少數貧困地區膀胱結石多見。
(二)個體因素
(1)遺傳因素：常染色體遺傳所致的腎小管功能障礙，先天性酶缺乏等都是與結石形成關係密切的一些遺傳疾病。有結石病患者的家族中往往發病率較高。
(2)疾病：如甲狀旁腺亢進、皮質醇增多症、溶骨性骨腫瘤甚至長期臥牀等都有誘發結石形成的可能。
(3)其它代謝異常：除一些先天性或後天性疾病引起的代謝異常外，還有一些原因不清楚的代謝異常，如特發性高尿鈣、特發性高尿酸等。
(4)飲食習慣和機體的適應能力：不喜歡喝水的人結石發生率升高。多食乳品增加鈣的吸收，多食肉類使尿中尿酸增多，大量食用菠菜或酸菜、果糖飲料可增加尿中草酸的排量，多飲咖啡會使尿中的鈣增加，這些因素都有增加結石形成的可能。有的人由於長期住在非原生地而得了結石，也有因爲精神壓力大而患結石的。
(5)藥物：長期服用乙酰唑胺(治療青光眼的常用藥)、皮質激素、磺胺和阿斯匹林，維生素D中毒，大量口服維生素C(可轉變爲草酸)等均可發生結石。
(6)尿路因素：患前列腺肥大病人由於排尿不暢，殘餘尿量增加，使膀胱結石生成機會增加。輸尿管先天狹窄致腎盂積水易形成腎盂及輸尿管結石，同時結石阻塞尿路又使結石生長加快。
