特殊染色及放大內鏡，爲提高大腸癌診斷奠定了物質基礎。但是，對於病變形態的改變，要有新的認識，如血管紋理不清，或消失、黏膜發紅、粗糙、蒼白、無名溝中斷、病變周圍白斑中央凹陷、腸壁輕度變形等凹陷型及扁平型形態改變，在內鏡檢查中，必須高度重視。因爲凹陷型及扁平型，較隆起型大腸腫瘤，癌變檢出率更高，惡性程度更高。有資料認爲[15]，平坦型腫瘤即Ⅱa、Ⅱb、Ⅱc，在開始發生時就可能是癌症。LST(側向發育型腫瘤)合併大腸癌佔8.4％～52.5％，良性LST在3年內可發生癌變，對隆起型腫瘤，由腺瘤發展成癌要經過5～10年左右。因此，對這些輕微病變的改變，都應該當成疑癌病變進行染色內鏡檢查，或對黏膜下的病變輔以EUS檢查。
特殊染色
對微小病變標本組織進行染色，根據色素的種類及作用機理可分爲：對比法，染色法，色素反應法，熒光法。最常用爲前三種。染色前應吸盡病變周圍的瀦留物，清洗需要染色的部位。用微溫清洗液，因爲，冷水易刺激黏膜，致病變部位黏膜皺襞收縮，腸蠕動增加，不利於觀察;沖洗時，應沿着病變邊緣衝擊，使清洗液自然形成水流沖洗病竈。避免直接衝擊病變部位，誘發出血，影響染色及觀察。通常使用0.4％;靛胭脂作爲大腸黏膜染色劑，靛胭脂主要能顯示黏膜凹凸的變化，爲非黏膜吸收性染料，當染色效果不理想時，可反覆使用，以獲得最佳效果。但是，再次染色前，應先沖洗乾淨黏膜表面的染料。
放大內鏡
放大腸鏡的使用，達到分辨病變微細結構、腺體形態甚至細胞結構改變的目的。目前，一般放大內鏡可放大成像200倍。這種放大內鏡檢查的目的，是通過觀察腺管開口類型及變化確認病變。已接近組織學診斷，對錶淺型病變包括Ⅱc病變的定性診斷很有幫助。而比較新的兩種結腸鏡檢查技術：細胞內鏡(en- docytoscope)和顯微內鏡(endomicroscope)，其分別達到對細胞擴大1125倍及對內鏡成像放大1000倍，前者可見細胞核和細胞結構，後者可看細胞和亞細胞結構。對炎症性腸病癌變的診斷率與金標準比較，準確性達到90％。但是單純使用放大內鏡檢查，對平坦型和淺凹型腺瘤易漏診。這類腺瘤較之隆起型病變，癌變時間早，惡性程度高，進展速度快。
