抗病毒治療可以有效地抑制HBV DNA複製，進而達到e抗原血清學轉換，長期治療則有可能發生HBsAg消失和/或血清學轉換。根據目前的文獻報道，干擾素或聚乙二醇化干擾素治療有<10%的患者發生HBsAg消失，核苷(酸)類藥物治療3～5年也有0%～10%的患者發生HBsAg消失。
當然，隨着核苷(酸)類藥物治療時間的繼續延長，這個比例還會逐漸升高。香港地區的司徒醫生報告了51例服用核苷(酸)類藥物治療的患者達到了HBsAg消失的滿意終點，其中27例還產生了乙肝病毒的表面抗體(抗-HBs)。23例患者停用核苷(酸)類藥物治療，停藥後22例患者隨訪了21.4～58.7個月，僅1例(4.5%)患者復發。
意大利醫生報告了590例HBeAg陰性乙肝患者接受核苷(酸)類藥物治療，24例(4.1%)於治療中位數103個月(22～180個月)後HBsAg消失，其中11例產生抗-HBs。這些患者在鞏固治療中位數12個月(0～70個月)後停藥。在停藥後第1年內，每1～3個月複查一次;以後每6個月隨訪1次。停藥後隨訪中位數24個月(範圍6～180個月)，沒有1例復發。
加拿大的醫生觀察到70例慢性乙型肝炎服用核苷(酸)類藥物治療後達到HBsAg消失，其中54例病人停藥隨訪，沒有1例復發。在韓國一項研究中，一共5409例慢性乙型肝炎患者接受了拉米夫定或恩替卡韋治療。隨訪6年，總共110例(2%)患者達到HBsAg消失，平均每年HBsAg消失率爲0.33%。我國香港一項拉米夫定長期治療慢性乙型肝炎的研究顯示，70例患者治療10年，有7例(10%)患者達到HBsAg消失。
我也初步統計了一下我們醫院的一項研究中患者的情況：108例患者接受恩替卡韋、拉米夫定或/和阿德福韋治療8年，3例(2.8%)患者HBsAg消失，其中2例產生抗-HBs並停藥，沒有復發。另有10例患者的HBsAg下降到100 IU/ml以下，有望在今後的治療中達到HBsAg消失或者停藥。
但是，核苷(酸)類藥物治療期間HBsAg下降的速度是非常緩慢的，每年下降速度的中位數爲0.104 log10 IU/mL。治療前基線HBsAg<1000 IU/ml，或者治療期間HBsAg下降速度較快(每年>0.166 log10 IU/mL)的患者，HBsAg被清除的可能性較大。
在目前抗乙肝病毒藥物治療的情況下，達到HBsAg消失的患者比例都很低。大約爲每年0.5%～1%。有人預測，使用恩替卡韋或替諾福韋治療的大部分患者可能需要幾十年的治療才能實現HBsAg消失。如果沒有更新的藥物出現，很可能有不少的患者可能會終生治療。所以，大多數患者還要做好長期治療的準備。
