新生兒生後12小時內應進行全面體檢，通過全面體檢確定新生兒發育健康。新生兒體檢包括通過體格和神經肌肉檢查更準確地判斷胎齡。
體檢項目一、測量
身長的測量是從頭頂到足跟，頭圍大約應是身長的一半加10cm。足月兒的平均體重是3.2kg。測得的新生兒的大小與相應的胎齡對比，可能對一些情況提供重要的線索。例如，如果嬰兒小於胎齡，可能是由於宮內感染或染色體畸形所引起。而若嬰兒大於胎齡，可能是因爲母親患糖尿病或高胰島素血癥，如Beck-with綜合徵，由於大血管錯位引起的發紺型先天性心臟病，母親肥胖症或家庭的素質如在Crow和Cheyenne地區的印第安人。
體檢項目二、肌肉骨骼系統
肢體應該對稱且能自主活動。新生兒仰臥，髖關節和膝關節屈曲時，股部能完全外展到檢查桌平面。外展受限，且當股骨頭滑入髖臼時可摸及彈響聲，是先天性髖關節脫位的主要體徵。女嬰和臀位產嬰兒特別容易發生髓關節脫位。若髖關節活動受限，應作超聲檢查並請矯形外科專家會診。極輕微的先天性髖關節發育不良，可用兩塊或三塊尿布兜起來，這種方法很適用。比較嚴重的病例，可以由矯形外科醫生在超聲觀察檢查下應用外展夾板治療。若不能馬上請矯形專家治療，可每天24小時應用三塊尿布兜起，一直到能使用夾板時爲止。假如用任意形狀的尿布，第一塊尿布應緊貼皮膚包緊，另兩塊作爲外層，一起形成較大的體積。如果有畸形足或任何其他明顯的需矯形的畸形存在，應立即開始治療。
體檢項目三、心肺系統
正常情況下，呼吸爲腹式呼吸，呼吸頻率40~50次/分，呼吸音粗但整個胸部的聽診音相同。用聽診器可聽到心音，胸骨下端最清楚。心率100~150次/分，可有明顯的竇性心律不齊。常可聽到心臟雜音，但其中大約只有10%與先天性心臟病有關。有嚴重的先天性心臟疾病的新生兒，例如大動脈閉鎖，右或左心室發育不全，可表現出蒼白或心力衰竭。
可捫及股動脈搏動，檢查時兩側同時進行，比較他們的搏動強度。若股動脈搏動微弱，可能存在主動脈閉鎖或左心室畸形。股動脈搏動微弱時應用多普勒血壓計測定所有肢體來加以確定。多普勒血壓計是用一個裝在充氣膨脹的袖帶上的超聲傳感器，探測放氣時血管中的涌流，從而精確地測定收縮壓和舒張壓。此外，轉紅試驗也可用於測定血壓。擡高肢體直到皮膚變蒼白，使血流排盡，然後對事先綁好的血壓袖帶像常規測量血壓一樣充氣，將肢體置於病兒一側，逐漸降低袖帶的壓力，當肢體顏色轉紅時記下讀數。
