儘管新疆羅布麻茶的功效作用非常多，但新疆羅布麻茶還是存在副作用的。由於羅布麻茶分爲藥用和食用兩種，食用的羅布麻茶是沒有毒副作用的，但是藥用的羅布麻茶不可避免地會有一些副作用。
1、用羅布麻葉泡出的新疆羅布麻茶，口感極澀，經常飲用會損傷神經系統和腎臟。
2、羅布麻葉對人體的傷害主要表現在對肝臟和腎臟的損害，這和長期使用抗生素注射對肝腎的損害是如出一轍的。而且，這種損害是不可逆的。特別是腎臟，如果長期把沒有加工過的羅布麻葉當作普通茶葉來泡水飲用就會導致腎衰竭，尿毒症。
3、相同的情況也發生在“魚腥草”和“穿心蓮”等中藥的應用情況上，所以最好的辦法就是，分清羅布麻葉和羅布麻茶的本質區別，一定要購買正規廠家有防僞的新疆羅布麻茶飲用，不要貪圖便宜買羅布麻葉（或劣質羅布麻茶）當茶長期飲用，而損傷了自己的身體。
綜上所述，羅布麻葉有一定的毒副作用，因爲作爲一種藥，新疆羅布麻茶一樣具有毒副作用。
