生殖器皰疹爲易復發疾病，目前尚無徹底治癒方法，其治療以全身抗病毒藥物爲主，治療目的是減輕症狀，縮短病程，減少HSV排放，控制其傳染性。根據不同症狀的患者，在藥物治療方面又有着很大的不同。
1、原發性生殖器皰疹
阿昔洛韋200mg，每日5次，口服，連用7-10日；或伐昔洛韋1000mg，每日2次，口服，連用7-10日；或泛昔洛韋250mg，每日3次，口服，連用5-10日。
2、複發性生殖器皰疹
最好在出現前驅症狀或皮損出現24小時內開始治療。阿昔洛韋200mg，每日5次，連服5日；或伐昔洛韋500mg，每日2次，連服5日；或泛昔洛韋125mg，每日3次，連服5日。
3、頻繁複發患者
爲減少復發次數，可用抑制療法。阿昔洛韋400mg，每日2次口服;或伐昔洛韋500mg，每日1次口服；或泛昔洛韋250mg，每日2次口服。這些藥物需長期服用，一般服用4個月至1年。
4、嚴重感染患者
指原發感染症狀嚴重或皮損廣泛者。阿昔洛韋每次5-10mg/kg體重，每8小時1次，靜脈滴注，連用5-7日或直至臨牀症狀消退。
