霍亂主要病因是由霍亂弧菌引起的，常見的來源是污染的水源、海鮮、水果、蔬菜以及穀物等。。
霍亂弧菌經口進入消化道，若胃酸正常且不被稀釋，則可殺滅一定數量的霍亂弧菌而不發病。但若胃酸分泌減少或被稀釋，或者食入大量霍亂弧菌，弧菌經胃到達小腸，通過鞭毛運動，以及弧菌產生的蛋白酶作用，穿過腸黏膜上的黏液層，在毒素協同菌毛和霍亂弧菌血凝素的作用下，黏附於小腸上段腸黏膜上皮細胞刷狀緣上，並不侵入腸黏膜下層。在小腸鹼性環境中霍亂弧菌大量繁殖，併產生霍亂腸毒素。
霍亂是腸道傳染病，患者及帶菌者的糞便和排泄物污染水源和食物後可引起傳播。其次，日常的生活接觸和蒼蠅亦起傳播作用。
