強直性脊柱炎常見後遺症是導致身體殘疾，活動量明顯減少，肌肉也會慢慢發生萎縮。還有一部分強直性脊柱炎會導致內臟功能衰退。
1、導致身體殘疾
強直性脊柱炎易引起脊椎變形，若發病後沒有及時規範治療，病情會不斷加重，到了中晚期會引起髖關節活動受限和脊柱強直，以至於無法行走和運動，也會造成駝背，使身體殘疾。
2、肌肉萎縮
強直性脊柱炎後期會引起劇烈疼痛，也會造成關節活動受限和脊柱強直，在一定程度上影響到患者正常活動，若活動量明顯減少，肌肉也會慢慢發生萎縮。
3、內臟功能衰退
強直性脊柱炎會對內臟功能產生很大影響，若一直沒有得到有效治療，會造成內臟功能衰退，患者會出現明顯消瘦症狀，且心臟功能也會減弱，會出現呼吸困難現象。
