非淋症狀潛伏期可有數天至數月，但多數爲1至3周。常表現爲尿道內的不適，發癢、燒灼感和排尿困難、疼痛、少數有尿頻。尿道口輕度紅腫，分泌物稀薄、量少，爲漿液性和膿性，多需用手擠壓尿道才發現有分泌物溢出。長時間不排尿或早晨首次排尿前可能見到溢出尿道口的分泌物污染內褲，結成粘糊狀，可封住尿道口（俗稱爲“餬口”現象）。有30%-40%的患者可無任何症狀，也有不少病人症狀不典型，有約一成左右的患者可同時合併淋球菌感染。
1、非淋菌性尿道炎潛伏期：1-4周。
2、非淋菌性尿道炎症狀起病不如淋病急，症狀拖延，時輕時重，但比淋病輕。約50%的病人有尿痛、尿道癢等症狀。初診時很易被漏診。女性非淋菌性尿道炎症狀更輕，無尿痛或輕微尿痛，可出現少量分泌物。有時宮頸也有炎症或糜爛，宮頸分泌物中有多數分葉型白細胞。
3、非淋菌性尿道炎症狀表現爲尿道分泌物少，稀薄，粘液性或粘膜膿性。較長時間不排尿(如晨起)尿道外口可溢出少量稀薄分泌物。有時僅表現爲晨起痂膜封住尿道口或污染內褲。檢查時，需由後向前按擠前尿道纔可能有少許分泌物由尿道口溢出。有時病人有症狀無分泌物，也可無症狀而有分泌物。
4、非淋菌性尿道炎症狀常與淋病同時感染。前者先出現淋病症狀，經抗淋病治療後，淋球菌被青黴素殺死，而衣原體、支原體依然存在。在感染1-3周後發病。臨牀上很易被誤認爲淋病未治癒或復發。
5、非淋菌性尿道炎症狀處理不當或治療不及時可引起併發症（1%）。如急性附睾炎、前列腺炎、結腸炎、咽炎。女性宮頸炎、宮頸糜爛、前庭大腺炎、炎、輸卵管炎、盆腔炎、異位妊娠、不育等。
6、新生兒通過感染的產道、生後3-13d可發生眼結膜炎，眼部有粘液膿性分泌物，也可無分泌物。但多不侵犯角膜。生後2-3周可發生肺炎。症狀不斷加重，呼吸急促爲其特點，但不發熱。其中半數患兒有眼結膜炎。
7、極少數病人可伴發Reifer綜合徵：尿道炎、關節炎、角膜炎、結合膜炎及皮疹。
