輸血可能會感染到傳染病，包括艾滋病、肝炎、瘧疾、乙型腦炎、出血熱和未知的病毒等。如果輸血不當輸血也可能發生傳染性肝炎、血色病、同族免疫反應；輸入體內的鐵很難排出，積存的鐵以含鐵血黃素的形式沉積在體內，如影響心、肝、胰的功能時，即成血色病等。
還會有相關性急性肺損傷的風險，主要發生在多次接受輸血的患者中，是因爲輸血引起的致命免疫反應，主要原因和致病機理目前並不清楚，如果患者接受不同血型的輸血則發病率會明顯升高。同時也可能會破壞到免疫系統。輸入血液是異體細胞，因此可能會觸發受血患者的自身免疫系統，使得發生排斥反應的概率增加。但是臨牀上也有發現，輸血導致患者免疫系統被抑制，令病人變得虛弱，無法抵禦手術後的感染和原來處於不活躍狀態的病毒導致肺炎、感染、心臟病和中風的概率上升。
