黃體酮膠丸和其他黃體酮藥物一樣，有副作用。包括：
1、突破性出血、陰道點狀出血。
2、宮頸分泌物性狀改變，並容易發生陰道黴菌感染。
3、乳房腫脹。
4、噁心，頭暈頭痛，疲倦，發熱，失眠。
5、偶爾肝功能異常。
6、體重的明顯變化以及身體浮腫等。
7、阻塞性黃疽。
8、在孕早期使用過量的話胎兒脊柱、肛門、四肢等部位發生畸形的危險可增加8倍。
9、經常使用黃體酮可引起子宮內膜萎縮、月經量減少，並容易發生陰道黴菌感染等現象。
10、使用人工合成孕酮的孕婦女性胎兒會出現男性化的狀況。
