在孕期，如果發現胎兒畸形，不是非常嚴重，一般醫生會給予孕婦一些建議，而且這些建議有可能會幫助胎兒恢復，但如果胎兒畸形比較嚴重，一般醫生會建議終止妊娠，但是具體的選擇權還是在於孕婦本身，因此，孕婦要認真的聽從醫生的指導建議。
1、有些不會危及到胎兒生命的畸形體，一般不需要在孕期就進行外科手術干預，例如先天性的心臟病等，可以在孩子出生之後，再進行手術治療，但是有一些畸形胎兒可能會影響胎兒在宮中的安危，就需要在孕期進行手術干預。但是在孕期就進行手術干預。這種手術風險比較大，要求的技術也比較高，大多數胎兒的治療都沒有取得太好的成效。
2、胎兒鏡手術，這種方法主要用於治療雙胎輸血綜合徵或者是減胎手術。但是在國外，也有一些用於治療胎兒膈疝，以及泌尿道梗阻還有腦脊膜膨出等。
3、如果胎兒有腦積水，需要做腦室分流手術或者是先天性心臟手術，還有脣齶裂修補手術以及苯丙酮尿症的藥物治療，都需要在胎兒出生之後，纔可以進行治療。
4、胎兒不管是什麼樣的畸形，在進行治療時，一定要積極的配合醫生，在出生有畸形胎兒時，家長也不必太過擔心。隨着現在醫學發展，有很多畸形都可以被治癒。
