臨牀治療前，最好先弄清陰莖短小的原因。想治療陰莖短小症的人，首先聽聽整形專家對陰莖短小的原因的見解吧。
小腹部、恥骨聯合部、會陰部脂肪豐滿突出的男性，陰莖發育不良，比普通男性陰莖短。的確，與肥大的身體相比，這種短小的陰莖在婚後可能會給性生活帶來一定的困難。
目前我國對於小陰莖患者在男性中所佔的比例並沒有做過科學的統計，但是從臨牀上遇到的患者和做手術的人數來看，有這種生理缺陷的人並不少，婚後的性生活大多不能滿足，所以要求做手術治療的心情往往非常迫切。近年來，國內外的整形外科學者對小陰莖的整形做了大量的研究和臨牀實踐，目的是更好地治療此症。陰莖延長和粗化術可有效治療陰莖短小症。陰莖短的
發病原因主要分爲以下兩點：
（1）腦組織結構異常：無腦畸形患兒無下丘腦分泌功能即使腦垂體發育正常由於無促性腺激素釋放激素致使睾酮分泌少造成小陰莖先天性腦垂體不發育部分腦胼胝體發育不良導致的下丘腦功能障礙枕部腦膨出伴運動失調的小腦畸形等腦中線發育異常均因促性腺激素分泌不足而引起小陰莖此外還導致其他系統的多發畸形。
(2)無腦組織異常的先天性促性腺激素釋放激素不足:這種原因引起的小陰莖比前者多見的具體原因多爲Kallman帕德維利綜合徵等多種綜合徵，多種畸形的研究與染色體基因異常有關，內分泌生化代謝異常引起的促性激素釋放激素
