有些女性在服用避孕藥後可能出現月經失調，噁心，頭暈，皮膚變差等副作用，避孕藥的副作用的持續時間長短是因人而異的，如長效避孕藥，短效避孕方效果可持續2-3個週期，緊急避孕可導致三個月的月經紊亂。
常規避孕藥的副作用低於緊急避孕藥的副作用，但過量或不合理的使用也會嚴重影響婦女的健康。部分女性服藥後的副作用持續時間長，甚至有不孕的嚴重後果。
一年內緊急避孕藥服用應不超過三次，此藥物易引起副作用除了常見的外，還可出現頭痛，乳房脹痛，胃腸不適，神經緊張，體重增加，情緒低落等副作用。一些副作用可能在服藥24小時後消失，但一些副作用將持續三個月，甚至影響生育。所以服用緊急避孕藥時應按規定服用。如果副作用持續時間太長，可以根據醫生的建議服用黃體酮藥物或注射黃體酮。
