尿鹽結晶不一定患病，可能是生理性的尿鹽結晶。也可能存在腎臟病變、輸尿管炎、泌尿繫結石等疾病。
尿鹽結晶可能是生理性的，如經常大量吃動物內臟、肉湯、海鮮等高嘌呤食物，可能會影響尿酸鹽結晶。經常吃菠菜、豆類等含草酸高的食物，草酸與鈣質結合形成草酸鈣結晶，也屬於尿鹽結晶的一種。體內有少量尿鹽結晶時會隨着代謝、尿液排出體外，並不會導致病變。但尿酸鹽結晶較多時，可能會因沉積在關節處引起痛風性關節炎，沉積在腎盞、腎盂、膀胱、輸尿管內，出現腎結石、膀胱結石、輸尿管結石等泌尿繫結石疾病。
尿鹽結晶也可能是病理性的，如患腎臟疾病時，尿液中含有大量白細胞、膿性細胞等，因尿液無法順暢排出體外，會在腎小管內形成結晶，出現尿鹽結晶。患輸尿管炎、泌尿繫結石疾病後，輸尿管堵塞，尿液無法順暢排出，長時間滯留，可能會使尿液中的結晶析出，出現尿鹽結晶。
