從感染艾滋病病毒到發病有一個完整的自然過程，臨牀上將這個過程分爲四期：急性感染期、潛伏期、艾滋病前期、典型艾滋病期。不是每個感染者都會完整的出現四期表現，但每個疾病階段的患者在臨牀上都可以見到。四個時期不同的臨牀表現是一個漸進的和連貫的病程發展過程。
1、急性感染期
窗口期也在這段時間。HIV侵入人體後對身體刺激的反應。患者發燒、疹子、淋巴結腫大、無力、出汗、噁心、嘔吐、腹瀉、咽炎等。有的還會出現急性無菌性腦膜炎，表現爲頭痛、神經症狀和腦膜刺激症。末梢血檢，白細胞總數正常，或淋巴細胞減少，單核細胞增多。急性感染期間，症狀輕微，容易被忽視。這種發熱等全身不適症狀出現後5周左右，血清HIV抗體呈陽性反應。之後，臨牀上出現了長短不同、比較健康、無症狀的潛伏期。
2、潛伏期
感染者可以沒有臨牀症狀，但潛伏期不是靜止期，更不是安全期，病毒繼續繁殖，具有很強的破壞作用。潛伏期是指從感染HIV到出現艾病臨牀症狀和體徵的時間。艾滋病的平均潛伏期，在被認爲是2-10年。這對早期發現患者和預防有很大困難。
3、艾滋病前期
潛伏期後開始出現與艾滋病有關的症狀和體徵，直至發展成典型的艾滋病的一段時間。這個時期，有很多命名，包括“艾滋病相關綜合症”、“淋巴結病相關綜合症”、“持續性泛發性淋巴結病”、“艾滋病前綜合症”等。這時，病人已具備了艾滋病的最基本特點，即細胞免疫缺陷，只是症狀較輕而已。主要臨牀表現爲
(1)、淋巴結腫大
前期最主要的臨牀表現之一。主要是淺表淋巴結腫大。發生的部位多見於頭頸、腋窩、腹股溝、頸後、耳前、耳後、淋巴結、頜下淋巴結等。一般來說，至少有兩個以上的部分，其中一個多達十個。腫大淋巴結對一般治療沒有反應，經常持續腫大超過半年。約30%的患者臨牀上只有淺表淋巴結腫大，沒有其他全身症狀。
(2)、全身症狀
患者常有病毒性疾病全身不適、肌肉疼痛等症狀。約50%的疾病疲勞無力，週期性低熱，經常持續幾個月。夜間盜汗，一月內超過五次。約1/3的患者體重減輕10%以上，這種體重減輕不能簡單地用發熱說明，即使補充足夠的熱量也無法控制這種體重減輕。有些患者頭痛、抑鬱或焦慮，有些患者感到神經末梢病變，可能與病毒侵犯神經系統有關，有些患者可能患有反應性精神障礙。3/4的患者可髒腫脹。
(3)、各種感染
本期除上述淺表淋巴結腫大和全身症狀外，患者經常出現各種特殊性或複發性的非致命感染。反覆感染會加速病情的發展，使病情進入典型的艾滋病期。大約有一半患者患有嚴重的足癬，通常是單側的，對局部治療沒有有有效的反應，患者腋窩和腹股溝部經常發生葡萄球菌感染皰性膿腫，患者肛周、生殖器、負重部和口腔粘膜經常發生尖銳溼疣和尋常疣病毒感染。嘴脣單純皰疹和胸部帶狀皰疹的發生率也比正常人明顯增加。口腔白色念珠菌也相當常見，主要表現爲口腔粘膜糜爛、充血、奶酪狀覆蓋物。
其他常見感染有非鏈球菌性咽炎、急性和慢性鼻竇炎和腸道寄生蟲感染。許多患者排便次數增多，變薄，有粘液。可能與直腸炎及多種病原微生物對腸道的侵襲有關。除此之外，口腔能夠出現毛狀白斑，毛狀白斑的存有是早期確診艾滋病的關鍵線索。
4、典型的艾滋病期
有學者稱之爲致死性艾滋病，是艾滋病感染的最終階段。本期具有
嚴重細胞免疫缺陷三個基本特徵。
發生各種致命機會性感染。
發生各種惡性腫瘤。
艾滋病終期，免疫功能全面崩潰，患者出現各種嚴重的綜合疾病，直到死亡。
確診艾滋病不僅僅是臨牀表現，最重要的依據是檢查者的血液檢查是否是陽性結果，因此懷疑自己感染了HIV後，必須立即去當地的衛生檢查部門檢查，決不能自己診斷。
