從感染艾滋病病毒到發病，中間這一段間隔時間叫潛伏期，嚴格地講，潛伏期應包括窗口期，即感染後血清中檢測不出抗HIV抗體的那一段時間，一般爲兩週至3個月。因此，在愛滋病高危人羣(吸毒者、同性戀者、異性戀性濫交者、長期輸血的患者、性夥伴發現HIV抗體陽性者)首次檢查爲陰性時，不能疏忽，必須經過一段時間的再檢查。
常常因爲艾滋病病毒感染者說不清確切的感染時間，所以就只得從出現前驅症狀或血清抗HIVHIV抗體陽性算起，一般由幾個月到幾年。
真正的潛伏期一般爲1~12年，平均爲6年。有些人超過12年。
各類人羣和各個個體也有差別：由輸入污染的血液或注射污染的血製品而感染的一般潛伏期爲4.5年，同性戀者約3年多。在男性同性戀者中，2%的艾滋病病毒感染者的潛伏期爲2年，5%爲3年，8%爲4年，23%爲6年，37%爲8年，48%爲10年。
