乙肝疫苗是一種非常安全的製品，一般接種後是不會產生不良反應的，但是少數人還是會有寫反應，主要有注射局部發紅、腫脹和硬結，稍有壓痛等，個別人伴有噁心、頭痛、全身不適等症狀，極少數出現畏寒或低熱，也有個別報告出現蕁麻疹者，這些輕微的反應一般是不需要特別處理的，兩三天即可消退。
而有報告的出現接種乙肝疫苗後視力減退、嗜酸性粒細胞增多、腎小球性腎炎和血小板減少性紫癜等症狀，目前無法判斷是否乙肝疫苗存在關係，應該去醫院就診。
兒童在接種乙肝疫苗後，有出現低熱、針孔處紅腫和硬結等現象，這些一般會在接種後24小時左右出現，屬於正常的。而一些接種部位反應較重的可引起附近的淋巴結、淋已管發炎，可以通過熱敷來緩解。還有一些兒童可能出現頭痛、頭暈、全身無力、寒顫，噁心，嘔吐，腹痛、腹瀉等症狀，這些症狀一般會在24小時內消退，不會持續3天以上，如果一直高燒不退，就要及時送往醫院治療了。
