乙肝疫苗的接種部位一般是在三角肌部位，在上臂，距肩峯嵴5cm的三角肌中間區，也有臀部肌注疫苗的情況。但是近年來，有國外研究機構發現，在上臂三角肌接種者的抗體滴度(在接種後8～12個月)比臀部接種者高17倍，而臀部採用2.54cm(1英寸)針頭則不一定能將疫苗注入肌肉，因此現在成人都普遍在三角肌部位接種乙肝疫苗，而嬰兒和新生兒則可在腿前外側肌肉接種。
