在使用微波爐時，有的人擔心錯誤使用容器，會污染食物，並損害爐腔。所以，在使用前，應瞭解什麼容器能放進微波爐，什麼容器忌諱放進去。
放進微波爐的容器，簡單來說，有三點要求，分別是微波穿透能量強、耐熱性高、符合食品衛生法。通常，微波是以直線的方式穿透容器的，如果碰到玻璃、陶瓷、塑料、紙張等容器，就會穿過去，從四面八方影響食物，使食物不斷吸收。所以，利用這些容器來盛裝食物放進微波爐，是較爲理想的。
但需要提醒的是，有凹凸刻花、厚度不均、耐熱性差的容器，不能放進微波爐長時間加熱。另外，表面有金線、銀線以及軸彩的器皿，也禁止在微波爐中使用，因爲這些塗料中含有金屬，它們在微波的作用下會產生火花，損壞微波爐。如果是木、株和紙製器皿，作短時間加熱是可以的，但必須在水溼狀態下使用，因爲加熱時間一長，乾燥後會燃燒起火。
