使用微波爐加熱，很多人還關心，能不能起到殺菌消毒的功效。因爲部分食物含有細菌，若放進微波爐，不能將細菌殺滅，人食用後會影響健康。所以，有必要把這一問題拿出來聊聊。
經防疫站測定，用500瓦微波爐能對含有192萬個/克大腸桿菌進行處理。加熱30秒後，僅剩細菌260個/克。60秒後，細菌全部被殺滅。所以，微波爐具有強而有效的殺菌能力，平時使用時，不用擔心冷藏過的食物有細菌產生，不能被微波殺滅。
而微波爐之所以能殺滅細菌，原因在於微波對生物體產生兩個效應，分別是熱力效應和生物效應。熱力效應指的是生物體在較強微波的作用下，溫度急劇上升，使細菌的細胞蛋白質變性凝固而死亡。而生物效應指的是在較低強度的微波作用下，生物體的溫度並無明顯升高，但由於生物體內的細胞液，吸收微波的能力優於其它介質，因此在微波場中細胞膜迅速破裂而導致菌體的死亡。
