色盲的病因可以分爲色盲可分爲先天性色盲和後天性色盲。先天性色盲多爲紅綠色盲，對於紅綠辨色有障礙，紅綠色盲也是最常見的色盲。眼睛之所以能辨識顏色，是由於眼睛存在三種能辨色的椎狀細胞，這三種椎狀細胞分別能吸收不同波長範圍的光，分別是藍、綠、紅。當椎狀細胞受到損傷或發育不全時，就有可能造成色盲。
色盲是X染色體伴性遺傳，而且是隱性遺傳。一般認爲，紅綠色盲決定於X染色體上的兩對基因，即紅色盲基因和綠色盲基因。由於這兩對基因在X染色體上是緊密連鎖的，因而常用一個基因符號來表示。紅綠色盲的遺傳方式是X連鎖隱性遺傳。男性僅有一條X染色體，因此只需一個色盲基因就表現出色盲。女性有兩條X染色體，因此需有一對致病的等位基因，纔會表現異常。所以男性的色盲患病率會比女性高。一個正常女性如與一個色盲男性婚配，父親的色盲基因可隨X染色體傳給他們的女兒，不能傳給兒子。女兒再把父親傳來的色盲基因傳給她的兒子，這就是隱性遺傳。
