在採用按摩這種保守療法並且不見好轉，並且症狀越來越嚴重的患兒，是需要進行手術治療的。
新生兒淚囊炎的手術主要分兩種，一種是淚道探通手術，對一些比較複雜的，年齡比較大的孩子甚至有先天性淚道畸形的孩子，淚道探通手術效果不太好。另外一種手術是淚道插管術，也叫淚道植管術，這類手術是最新的手術。
淚道探通手術：在將淚囊區膿液排盡後，採用沖洗及滴用抗生素後再用探針探通，一般都能夠痊癒。如有淚囊周圍炎症時，應先按照急性淚囊炎處理，再用抗生素眼藥水滴眼。
淚道插管術：這個方法比較複雜，需要根據患兒的具體情況具體分析。主要適用於淚小管阻塞、總淚小管阻塞、鼻淚管阻塞。不可用於急性淚囊炎。
我們還可以採用下面的幾種中醫療法：
1、向下擠壓淚囊法。
將患兒仰臥後頭部固定，用一手壓住內眥部，另一手自淚囊頭部向下擠壓淚囊，每天2-3次，並以抗生素及魚腥草滴眼液點眼，2周後複診，治療4周依然無效者採用加壓沖洗法。
2、加壓沖洗法
依然是患兒仰臥頭部固定，眼局部點1.4g/L倍諾喜2滴，表面麻醉後將沖洗針頭插入下淚管內，同時壓住上淚小管，然後用力推入魚腥草滴眼液和地塞米松注射液的混合藥液，目的使藥液衝破阻塞的先天性殘膜而使淚道得到通暢。若加壓沖洗法仍無法使淚道通暢者，採用淚道探通沖洗法。
3、淚道探通沖洗法
仰臥位，將頭及肢體固定，眼局部點1.4g/L倍諾喜2滴以表面麻醉，下淚點太小可先行擴張淚點後再用7號牙科沖洗針頭，針頭周圍塗眼膏使之滑潤後再將針頭垂直插入下淚點約1.5mm深，再將沖洗針頭轉向與瞼緣平行方向，朝內眥部順淚小管方向用食指指腹輕輕將沖洗針頭推進，當觸到骨壁時，將針頭尾部向上旋轉後再向下、向後緩緩進針，深度約2.5～3cm即可。接上已吸入魚腥草滴眼液和地塞米松注射液的針管將其輕輕注入，患者出現吞嚥動作後將沖洗針頭拔出，隔日再行沖洗。
