安裝好消毒櫃後，要掌握正確的使用方法。通常，消毒櫃的使用電源爲50Hz、220V的單相交流電。使用時，必須使用單相三腳插座，規格選250V、10A爲好，並且插座接地腳必須安裝牢固可靠的接地線。
使用時，先將餐具洗淨，稍晾乾，按類別倒放或斜放在消毒櫃室的層架上。有蓋的餐具應打開蓋子，筷子及勺子和鍋鏟等插到門內的筷子架內。耐溫低於150攝氏度的餐具不宜放進高溫型電子消毒櫃內消毒，以免變形、烤焦或溶化。耐低溫的餐具宜放入低溫型電子消毒櫃內消毒，並留有適當的間隙，以便讓臭氧與其表面充分接觸，增強殺菌效果。
使用高溫消毒櫃消毒時，先將洗淨的餐具放好，再將電源線的插頭插入市電插座內，按下按鈕，電源指示燈亮，表示開始加溫消毒。待指示燈自動熄滅，表示消毒完畢。剛消毒結束時，櫃內的餐具處於120攝氏度以上，切勿隨即使用餐具，以免燙傷皮膚，一般經10-20分鐘左右的時間方可取出使用。若暫時不使用餐具，最好不要打開櫃門，這樣消毒效果可維持數天。
使用消毒櫃時，先根據放入餐具的多少，將定時器的旋鈕置於適當時間的檔位上，插入電源插頭，待指示燈亮，開始臭氧消毒，待指示燈熄滅，表示臭氧消毒完畢。若烘乾指示燈亮，表示正烘乾餐具。待烘乾指示燈自動熄滅時，消毒、烘乾程序完成。
