與其他中醫減肥方法，如磁石經絡法、拔罐減肥等不同的是，鍼灸減肥的副作用多因醫生的操作水平低下所致。在臨牀上，比較常見的鍼灸減肥副作用有以下三方面：
1、損傷內臟
由於鍼灸減肥受歡迎程度的直線上升，如今許多美容院都開設了鍼灸減肥項目。但是這些生活美容院畢竟不是專業的中醫治療機構，技術也許並不到家。如果針刺不當的話，很有可能導致心、肺、肝等內臟受損。
2、感染疾病
銀針插入人體穴位後，有可能會碰破毛細血管。因此在重複使用前一定要經過充分的高溫高壓消毒，否則很容易感染傳染病。一些非正規的鍼灸減肥場所既沒有按照“一人一針一穴”的基本原則，使用非一次性鍼灸針時也沒有徹底消毒，因此感染傳染病的危險極大。
3、暈針昏迷
鍼灸減肥最大的問題不是沒有效果，而是損害身體。鍼灸的時候腹部的針不能插得太深，否則容易損傷臟器。另外，鍼灸師還應該懂得如何處理諸如暈針、滯針、彎針、折針等異常現象。一些非專業的“鍼灸師”的技術水平根本沒有達到要求，對於上述問題的瞭解也不夠深入，如果由他們施針的話，很容易出現意外。
