有些人的脹氣或者肝氣不舒總是反反覆覆，不能完全好轉，因此也有人會長期服用柴胡舒肝丸。雖然柴胡舒肝丸並沒有什麼副作用，但是長期服用卻是另一回事。有些要可以吃2-3個月，還得在醫生的指導下服用，如果是自行買藥吃，堅持吃柴胡舒肝丸1-2個月，情況可就不妙了。柴胡舒肝丸雖然都是由中藥組成的，但是中藥也有其副作用，是藥三分毒、物極必反這些道理很多人都懂。
一般食用1盒柴胡舒肝丸沒有效果就不需要再食用了，因爲食用柴胡舒肝丸3天內症狀都沒有明顯的改善，那麼即使繼續吃下去意義也不大，這個時候需要到醫院就診。爲了不延誤病情，有出現肝氣不舒、胸脅痞悶、食滯不清以及嘔吐酸水等症狀的人最好到醫院就診，雖然柴胡舒肝丸爲非處方藥，但是亂吃藥的風險更大。
柴胡舒肝丸不能長期吃，也最好不要和其它藥物一同服用，或者在服用前先諮詢醫生。有網友問到柴胡舒肝丸是否能和逍遙丸一起吃，其實這兩種藥物的主治功效並不相同，而且兩種藥物一起服用的話相當於一次性服用了幾十種藥材，如果藥材間相互“打架”對身體反而不利。
